在扩增犯罪现场提取的DNA样本时所面临的另外一个困难是，样本本身所含的抑制物会干扰PCR扩增过程。室外犯罪可能会将一些体液，如血液、精液遗留在土壤、沙子、木头或树叶上，这些载体所含的物质会随着罪犯的DNA一起提取，抑制PCR扩增。室内犯罪现场提取的纺织品染料、羽毛和木纤维乜含有DNA聚合酶的抑制剂。
抑制物可以下列方式抑制目的片段扩增：①干扰DNA提取中的细胞溶解过程；⑦通过 降解或结合核酸发挥抑制作用；③抑制聚合酶活性；阻碍目的DNA的扩菇（Wilson,1997）。衣物上的织物染料或红细胞中的血红蛋白等物质有时会和DNA -起在DNA提取过程中保留下来，它会抑制聚合酶，干扰PCR的正常进行（Akane et aJ．，1994；De fanchis et a1．．1988： RAdstrom et al．，2004）。
扩增含有血红蛋白等抑制物的样本时会出现大片段STR基因座的等位基因丢失，甚至所有基因座的扩增失败。表7-2列出了一部分会干扰PCR扩增的抑制物。带有PCR抑制物的样本会得到部分分型结果，与降解DNA样本的分型图谱相似(Applied Biosystems, 1998)。因此，造成大片段STR基因座扩增失败的原因可能是因为降解DNA中没有足够的完整DNA模板，也可能是抑制物含量过高，抑制聚合酶活性。既然小片段比大片段的PCR扩增效率更高，那么短片段STR扩增将有助于获得遗传信息。
去除PCR抑制物的方法
最近发表了一篇很好的综述，介绍如何得到适合PCR扩增的样本(Radstrom et al.，2004； Wilson，1997)。采用下列的一项或几项方法就可以去除PCR抑制物或消除它们的影响。稀释基因组DNA模板，PCR抑制物同时也会被稀释，然后在体系中的抑制物减少了的情况下重新扩增。也可以增加DNA聚舍酶的量克服抑制物。用这种方法，部分Taq聚合酶与抑制物结合，避免抑制物参与反应，这样，其余Taq聚合酶就可以有效地扩增模板DNA。另外，除Taq聚合酶以外的其他的一些DNA聚合酶可以好地扩增血液和粪便样本，而这些样本在用Taq聚合酶扩增时通常会抑制PCR过程。
在PCR反应体系中，添加小牛血清白蛋白( Comey et al.，1994)或甜菜碱(Al.Soud and RAdstrom，1998)等物质可以防止或减少PCR抑制物的作用。此外，用氢氧化钠处理DNA模板，也可以消除Taq聚合酶抑制物的影响。已经证明添加硫酸胺铝对避免抑制物与DNA一起从土壤样本中同时纯化出来非常有帮助( Braid et al.，2003)。最后，在PCR扩增前，可进行一次纯化，将提取出的DNA从抑制成分中分离出来。有研究者使用Centricon-100及Microcon-100滤过器或低熔点琼脂糖凝胶柱( Moreira，1998)进行纯化，减少PCR扩增的抑制。
