1 明确进行亲子鉴定的适用原则
在医学上进行亲子鉴定并非难事，关键是在诉讼中如何应用亲子鉴定的问题。亲子鉴定涉及婚姻、家庭、子女人身权利和财产权益，在诉讼中适用应贯彻的是稳定、谨慎之精神，其适用是有条件的，在法律没有具体规定前提下，笔者认为，应严格掌握其适用原则。
(1) 当事人意志因素制约原则。亲子鉴定的首要条件是，由主张确认或否认亲子关系的当事人提出鉴定申请。根据民事诉讼证据规则，提出主张的一方当事人应当举证，但为保证亲子鉴定结论的可靠性，往往由法院在诉讼过程中为当事人委托法定鉴定机构进行鉴定，但法院作为中立者不能为任何一方主动采集对一方有利的证据，因此，当事人不申请亲子鉴定的，法院不依职权进行鉴定。
(2) 保护妇女、儿童权益原则。对要求作亲子鉴定的案件．应当从保护妇女、儿童合法权益，有利于增进团结利防止矛盾激化出发，区别情况，慎重对待。第一，当亲子鉴定的适用可能影响子女或妇女合法权益而带来不良后果时，一般不应适用：第二，在未婚男女、未婚男子（女子）与已婚女子（男子）发生性关系下所生子女因抚育费纠纷、赔偿纠纷引起的亲子关系确认案件中，任何一方要‘求均可准许；第三，因错抱婴儿、怀疑非自己所生婴儿而拒绝从医院抱领的，任何一方要求均可启动亲子鉴定程序。这些基于未成年人利益而申请亲子鉴定无需考虑对方意志，这一点在司法实践中已被贯彻。
(3)亲子鉴定提起的时效限制原则。从国外立法看，《瑞士民法典》对该诉讼时效规定的最为完善：“夫在知悉生育及知悉本人并非子（女）之父或第三人在受胎期间与其同居的事实之后，得在一年的期限内起诉。超过出生后5年，诉权自行失效。”笔者认为，我国立法及司法实践中应当借鉴上述规定进行处理。笔者建议，可以引人两年时效制度，当得知或应当得知子女非自己亲生之日起无正当理由两年内不主张确认权利者，诉权自行消失。这样，有利于保护妇女、儿童的合法权益，维护婚姻、家庭秩序的稳定。
2 规定适用亲子鉴定的案件类型 根据诉讼请求中对亲子关系认定结果的不同主张，该类案件分为请求确认亲子关系与请求否认亲子关系两种类型。
(1)请求确认亲子关系的案件，在此类案件中，当事人提起的一般是给付之诉，亲子关系的认定是对其所主张权利的确认，根据亲子关系请求法院对其提供公力救济。该种基于亲子关系的给付之诉主要是对身份权的主张，包括根据继承、赡养、抚养等身份关系所产生的人身及财产上的权利。
(2)请求否认亲子关系的案件。该类型案件多为，因对亲子关系的异议对其抚养义务、赡养义务或继承关系提出异议而涉讼。如果父母与子女间事实上并无血亲关系亦未形成拟制血亲关系，父母方可拒绝对子女进行抚养，可主张解除事实上已形成的抚养关系，子女对未形成抚养关系的父母可拒绝赡养：在继承关系中，亲子关系被否认的子女或父母方，如果未于共同生活期间履行过抚养或赡养义务，在继承权发生时，其他继承人可通过否认亲子关系否认其继承权。
3 建立亲子鉴定相关工作制度
(1)建立亲子鉴定委员会制度。在各省、市、自治区建立亲子鉴定委员会，鉴定委员会应包括亲子鉴定技术专家、法律工作者、政府相关部门的人员，由他们具体认定、考核、指导该地区的亲子鉴定工作，对亲子鉴定结论进行复议，协调亲子鉴定中的各种矛盾。
(2)建立法定的鉴定部门及鉴定人资质认证制度。什么机构可以具备资格从事这项业务没有法定标准是中国亲子鉴定现状最大的隐患。因此，必须首先加强对鉴定部门的管理，应明确哪些是法定的鉴定部门，哪些是指定的鉴定部门，哪些部门不允许作血液系亲子鉴定。
