PCR扩增STR等位基因的产物中包含着许多DNA分子，怎样分离这些产物是具有挑战性的问题。一个复合扩增PCR反应可以产生20个或更多的DNA片段，而这些片段必须要能彼此准确地区分，包括那些仅有一个碱基差异的等位基因（例如THO1基因座上的等位基因9.3和10）。通常分离单碱基差异的DNA片段长度均在100至400bp之间。这些分离方法必须能使结果重现，并可在不同实验室间进行比对，这是非常重要的。
为了区分不同的分子，需要一种能分离不同长度片段的技术。常用的分离方法即电泳，包括平板电泳和毛细管电泳。
对于短串连重复DNA的PCR产物，其分离方法必须能区分每一个等位基因。杂合性等位基因可以通过电泳分离不同长度的片段，倒如，平板电泳或毛细管电泳。
电泳( electrophoresis) -词来源于希腊语electron和拉丁语phore，因为电泳的过程依赖于分子所携带的电荷。对于DNA而言，其磷酸根基团带有负电荷，而核酸之所以呈酸性也是因这些磷酸根基团很容易释放出氢离子，使核酸在绝大多数缓冲液中带有负电荷。在电场作用下，DNA分子将离开阴极向阳极泳动。电压越高，DNA分子所受的电场力就越大，移动速度也就越快。
离子在电场中的移动会产生热量，这些热量必须要散发掉，否则会被系统吸收。过量的热会使凝胶产生弧形的电泳谱带，在一些特殊的情况中？凝胶也会融化和断裂。正如本章结尾部分所讨论，毛细管电泳之所以具有很强的优越性，因为毛细管具有较高的表面积与体积之比使散热更为容易。
