多少个基因座可以在一个复合体系中扩增，取决于扩增产物检测系统。目前常用检测系统有银染和荧光染料标记自动检测系统。
（1）银染系统 银染法只根据各等位基因的片段大小来分析识别，这就要求组成复合扩增的各个基因座等位基因片段范围没有重叠。复合体系中基因座数目不宜多，一般为3-4个。
（2）多色荧光标记检测系统 该检测系统可以根据等位基因片段所带的荧光颜色不同加一鉴别，即使等位基因片段长度范围有重叠可以根据等位基因座，也可以采取不同的荧光染料标记，区分不同基因座的等位基因。因此这种复合体系可以有较多的基因座，如7基因座、8或10基因座复合扩增，甚至开发有16个基因座的复合扩增系统，明显提高了检测信息量。
