亲子鉴定应用的原理是孟德尔遗传学。即孩子的基因型一半来自父亲，另一半来自母亲。
遗传学的两个基本定律——分离定律和自由组合定律，统称为孟德尔遗传规律。
因此，在分析两者间的亲子关系时，看每一位点对应的两者数据是否至少有一个数字完全相同，至少有一个相同的才代表符合遗传规律，即子代的遗传基因能从亲代中找到遗传的来源。如亲代的基因型为12、16，子代的基因型的两个数字至少有一个是12或是16。
判定亲生关系的理论依据是孟德尔遗传的分离律。按照这一规律，在配子细胞形成时，成对的等位基因彼此分离，分别进入各自的配子细胞。精、卵细胞受精形成子代，孩子的两个基因组一个来自母亲，一个来自父亲;因此同对的等位基因也就是一个来自母亲，一个来自父亲。鉴定结果如果符合该规律，则不排除亲生关系，若不符合，则排除亲生关系(变异情况除外)。
在大多数的情况下，母、子关系是已知的，要求鉴定假设父和孩子是否亲生关系。此时首先从母、子基因型的对比中，可以确定孩子基因中可能来自父亲的基因(生父基因，OG)。 然后观察假设父亲的基因型，如果不具有生父基因，则可排除假设父与孩子的亲生关系。若假设父也具有生父基因，结果就不能排除假设父的亲生关系，假设某案例中母亲是FGA-22/23型，孩子为22/25型，从比较中可确定生父基因是FGA-25。此案中假设父1为FGA-22/24型;假设父2为24/25型。其中假设父1不具备生父基因25，故可排除他与孩子的亲生关系;相比之下，假设父2因具有FGA-25，不排除与孩子有亲生关系。
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相关评论：
法医解读1：符合遗传规律的基因座位点数字相同位点大人和小孩至少有一个相同的。
亲子鉴定报告看检测的后的数据分析亲子关系。通常用数字来表示某个位点的遗传密码，其数字代表是碱基重复数。同一个基因座位点，亲代和子代至少有一个数字相同的，代表子代能从亲权找到遗传的来源，符合遗传规律。
法医解读2：数字分析比对，符合遗传规律的位点大人和小孩至少有一个数字相同。
如基因座位点D19S433大人是（14.2，,15.2），孩子是（14,14.2）则是符合遗传规律的，即孩子的14.2能从大人哪里找到相同的数字14.2；若该位点大人是（13，,15.2），孩子是（14,14.2）则不符合遗传规律。
法医解读3：用DNA数据来分析是否符合遗传规律，用累计亲权指数来控制需要鉴定的DNA数据量。
在相同的基因座位点以两者比对，至少有一个数字相同，代表该基因位点两者是符合遗传规律，即子代能从亲代找到遗传的来源。每一个基因座基因根据相同基因在人类遗传基因中的分布情况，来计算该基因座位点的亲权指数，一般符合遗传规律的基因座位点亲权指数大于1，累计所有检测的基因位点的亲权指数相乘，得到累计亲权指数，达到一定指数，就可以给出倾向于亲子关系。规定一个值作为控制需要鉴定的基因座位点数量来达到可以确认亲子关系的质量控制标准。
