简单说，鉴定结论并非只有“是”或“不是”两种，现实中常有第三种结论：“无法判定”。这通常发生在检测后，既无法肯定也无法排除亲子关系。
以下是几种典型的“不能确认”的场景：
1. 基因突变干扰
这是最常见的技术性难题。如果只有1-2个基因位点不匹配，而其他位点完全吻合，鉴定人员无法直接下“排除”的结论，因为很可能是父方或母方的生殖细胞发生了基因突变。此时，必须加测更多位点甚至请母亲一起参与检测。如果加测后仍无法达到认定标准，就会给出“无法判定”的结论。
2. 近亲血缘混淆
如果两名可能的生父是近亲（尤其是同卵双胞胎），就会出现大麻烦。
同卵双胞胎：两人的DNA序列几乎完全相同，目前的常规技术完全无法区分谁是孩子的生父。
兄弟/父子：由于血缘关系近，共享基因多，单凭父子二人的检测往往无法明确区分。比如，当孩子的父亲其实是被鉴定人的兄弟，这位兄弟又失联时，报告很可能只能给出“不排除”的模糊结论。
3. 被鉴定人存在特殊身体状况
有些特殊情况会导致体内存在两套不同的DNA，让检测结果与真实身份不符：
异基因骨髓/干细胞移植：如果一个人接受了别人的骨髓移植，他的外周血DNA会变成供者的。此时用血痕检测，会测出供者是“父亲”，得出完全错误的结论。要用口腔拭子等其他组织才能得到本人DNA。
先天性嵌合体：极罕见，如一个人体内的生殖系统DNA与体细胞DNA不一致。用口腔拭子或血液测出的“父亲”，会和他的精子不匹配，可能导致亲生孩子被误判为非亲生。
4. 样本质量不佳或被污染
样本DNA严重降解、量太少，无法提取完整的基因图谱。
产后私密鉴定时，样本中混入了他人的DNA（如母亲血液混入胎儿样本）。
5. 关键参检人缺失
标准的三人（父-母-子）鉴定结论最明确。如果母亲不参与，仅做父子单亲鉴定，当出现矛盾位点时，就很难判断这是突变还是真的不匹配，从而增加“无法判定”的概率。
鉴定机构通常会怎么做？
遇到可疑情况，他们不会草率下结论，而是会：
加测位点：从几十个位点增加到上百个。
更换试剂或方法：采用更高精度的测序分型技术。
要求补样：通知当事人提供母亲样本，或更换样本类型。
最终出具“无法判定”的报告：如果穷尽手段后依然没有定论。
所以，当鉴定报告给出“无法判定”时，它其实是一份严谨的科学结论，提醒我们需要用更多信息、更复杂的检测手段去接近真相，而不是简单地因为“检不出来”而怀疑结果。
