亲子鉴定是可以只和父亲做的。而且目前亲子鉴定80%以上是只和父亲做的。
父母子三人做亲子鉴定为三联体亲子鉴定，父子或母子亲子鉴定为二联体亲子鉴定。二联体亲子鉴定一般存在单亲风险。如果出现单亲风险时，将不能给出鉴定意见。此时如果需要给出鉴定意见的，有两种方案：一是提供未参与方面的样本做父母子三联体亲子鉴定，二是参与单亲亲子鉴定的两个人同时增加检测到40个位点。
简单的讲：父母子三人亲子鉴定是两种鉴定结果-肯定或是否定；但是父子或是母子二人做亲子鉴定存在三种结果-肯定或是否定，还有少部分是不确定的。不能确定的情况就是不能满足亲子鉴定行业的国家控制的标准所有位点都符合遗传规律且累计父权指数大于9999的，即亲权概率大于99.99%的。即使是出现亲权概率大于9998，即亲权概率大于99.98%都是不能给出鉴定意见的，如果是司法亲子鉴定给不了满足标准的鉴定意见将出具不了司法检验报告，如果是个人亲子鉴定可以出具没有鉴定意见只有被鉴定人DNA数据的DNA检测书，当事人接受99.98%的概率就好，这种概率加测后肯定是能给出结果是肯定的意见的。
相关评论：
科鉴基因来自北京海淀区的客户反馈：父子亲子鉴定，亲权概率大于99.999999%，结果是亲生的。
2019年做个人亲子鉴定。采集好孩子的口腔拭子带到鉴定中心做个人知情DNA鉴定。母亲未参与，填写了单亲亲子鉴定风险提示单，其内容为若是父子两人检测有基因突变现象，导致亲权概率小于99.99%，可能无法给出鉴定意见，可能需要选择加测。最终是未发现基因突变现象，亲权概率大于99.999999%，给出了支持是亲子关系的鉴定意见。
科鉴基因来自北京海淀区的客户反馈：父子个人亲子鉴定21位点亲权概率大于99.96%，增加检测到40位点，亲权概率大于99.99%，给出肯定鉴定意见。
2014年做的个人亲子鉴定，大人用的血痕，孩子用的是指甲，检测结果父子俩人21个位点完全符合遗传规律，但是累计亲权指数（CPI）为2641，其亲权概率为大于99.96%，说是无法给出鉴定意见。选择加测到40个位点，亲权指数为45202365923，其亲权概为大于99.99999999%,给出了肯定的鉴定意见。
科鉴基因来自北京西城的客户反馈：21位点的检测就能达到99.99%
2018年做的亲子鉴定。21位点的检测，累计父权指数为20518，亲权概率为大于99.99%。结果是支持存在亲子关系的。亲生的。
