亲子鉴定是对客观存在的亲子关系，用科学的方面来反应的。亲子鉴定的鉴定意见是根据所测样本得到的DNA数据，分析得到的。通常测到的样本留有者的DNA数据，为个体的基因分型，即个体的基因身份。这些亲子鉴定检测出来的的基因座位点偶尔也会发现基因突变现象。
首先，要知道，人是二倍体生物，所有的位点都会出现两个数字，相同的是纯合子，不同的是杂合子。两者比对分析亲子关系的时候，三个以上位点不符合遗传规律的，则不支持两者存在亲子关系；所有位点都是符合遗传规律，且累计亲权指数大于10000，则支持两者存在亲子关系的。 但是，由于基因突变的存在，亲子鉴定的基因座会出现很多异常问题：
1、亲子鉴定的基因座位点，会有位点增加或丢失的现象。
在对社会大量的亲子鉴定案例中，不难发现，偶尔会出现，有些人提供的样本进行DNA检测时，会发生，某个位点出现三峰，即三个数字的情况，这个与人是二倍体的生物的情况不相符，可能是在遗传的过程出现了位点增加的现象；还有可能出现一个峰，不是纯合子的一个峰，而是位点丢失的情况。这个一个位点的突变情况，一般是不影响大人和孩子两组数据分析比对亲子关系的。
2、亲子鉴定的基因座位点，还会出现性别位点丢失的现象。
在亲子鉴定的基因座检测的时候，一般都会有性别位点。性别位点在DNA检测中是很重要的。正常情况，检测出来的性别位点信息跟实际人的性别是一致的。当出现不一直的时候，则需要对样本进行验证，或其他方面的DNA检测，如Y-STR分型检测。当一个女性的样本进行DNA检测的时候，结果出来是男性的，进行Y-STR检测的时候，是空白的，则说明该女性样本的性别位点异常，有可能的丢失了X。因此，在做亲子鉴定的时候，一般鉴定中心都会和当事人核实一下，留样者的性别信息，特别是自行送样的。这个并不是鉴定中心对检测不能客观真实反应，而是当检测出来的结果和提供的信息不符合的时候，鉴定中心有没有必要做验证实验，或加测Y-STR。
3、亲子关系中会出现基因突变的情况。
据遗传学统计，遗传的基因突变为1.5%，癌细胞会增加5%。亲子鉴定的中发现的基因突变，一般是在确认亲子关系后，对两者不符合遗传规律的位点的解释，不排除是基因突变引起的不符合遗传规律的。同时，突变也是需要看不符合遗传规律的位点，两者相差多大，是一步突变，还是二步突变。大部分亲子鉴定的遗传基因突变为一步突变，极少是二步突变。相差太多，就是不是基因突变，而是不符合遗传规律的了。
以上为，亲子鉴定发现的基因位点问题。一旦DNA检测发现了，都是不会改变的，同时也是不影响亲子鉴定结果的。
