亲子鉴定是法医学的重要内容、涉及面广，责任重大，因此在进行鉴定时必须注意：
1．被检查者必须确认无误，要查对有效证明或捺指印；原则上应由检验者直接由被检者身上采集血标本。血标本必须作好明晰的标记，避免标本调错。
2．正确鉴定，避免人为原因造成的分型差错，必要时需由两名检查人员独立进行检查，保证测定正确。
3．近期内被检者不能接受输血，以免供血者的血型干扰。
4．根据血型进行亲子鉴定，一般是根据表型推测基因型，故结果。分析时；应考虑到一些罕见的血型基因，如Cis—AB型、孟买型、Mg血型，Rh缺失型等，它们有各自的遗传方式和血清学特点。鉴定血清型和红细胞酶型时，要特别注意可能存在的一些无效基因或抑制基因，如：Hp0、ESD0和GLOI0等基因。在HLA系统中，应该注意各座位抗原间的交叉反应性及单倍型的重组情况。因此在只有一个系统排除争议父亲时，应特别慎重。
5．亲子鉴定首先要了解已作检查项目的总排除概率。在此概率大于95％的情况下，如争议父不能被排除；那么他与孩子的亲子关系概率一般很高；如总排除概率小于90％，那么不被排除的争议父与孩子的亲子关系概率可能低于，95％。当W<95％时，应增加检查项目，以便最后达到亲权排除或亲权肯定的结论。但在某些情况下，如被指控可能为生父的男人只有两人，这两名男人也都认为两者中必有一个为生父，如一人已被排除，另一人的W<95％，这时仍可得出他是孩子生父的肯定结论。
6．计算PI、W时需要人群的基因频率。由于不同人种或伺一人种的不同群体之间基因频率不同，因此最好取与受检者相同或比较接近的群体资料，以使计算比较可靠。
7．双亲缺一的亲子鉴定，根据表现型也有可能排除“父”子或“母”子关系，但排除概率较双亲均检验的低。而在不排除时，由于缺少双亲二方的血型，不能计算亲子关系概率，就不能得出明确的结论。父、母均不肯定案，PI的计算原则基本上同母亲肯定案，即X为争议父和争议母婚配产生该血型孩子的机会，y为随机人婚配产生该血型孩子的机会。
8．考虑前概率的亲子关：系概率问题。上面所介绍的亲子关系概率是根据血型检查结果计算的，但实际上对争议父亲是孩子生父的可能性，还可以从其它方面作出初步的估计，这种估计称为前概率。这涉及到非遗传学方面的证据。比如是否承认在可能受孕期间发生过两性关系，是否还有第三者等。若前概率用P0表示，考虑前概率的。亲子关系概率为W=PI*P0/PI*P0+（1-P0）。P0=0．5表示争议父亲是孩子，的生父或不是孩子的生父、机会均等。
