亲子鉴定法律适用的理论基础在于：亲子关系是否得以争执，亲子鉴定有无适用的余地；以及在何种情况下，判断亲子关系存在与否，以进行亲子关系为必要。
通说认为，亲子关系既存在可以进行争执的领域，亦存在不得进行争执的领域。一般情况下，认为生物学上的亲子关系是决定法律上父母的第一次基础，当法律上的亲子关系与生物学上的事实不相符时，也是以后者作为修正前者的依据。现在亲子法也强调“为子女”的理念，在亲子关系确定的程序上，贯彻血缘主义的适用。
同时，虽然生物学上的事实虽然是决定法律上亲子关系的最重要的一个因素，但也并非唯一的因素。这现代亲子法的一个特点。亲子关系也存在不得争执的领域。如，亲子共同生活的事实或者一段时间经过，则亲子关系不问有无血缘联系，都可以确定下来。不能加以争执，因此，也无进行亲子鉴定的必要。另外，经过法律上的程序确立的亲子关系，如由自然出生的登记、婚生推定等程序确定的亲子关系不容轻易破坏，这是亲子法的一大重要原则。因此，生物学上的亲子关系和法律上的亲子关系应当严加区别。不得轻易由亲子鉴定来推翻法律上的亲子关系。
以下几种情形，可采取亲子鉴定来判断亲子关系存在与否：
第一，当事实处于真伪不明的状态，以及法官对双方当事人的供述产生怀疑的时候，可以调查补充证据，并且进行亲子鉴定。
第二，当双方当事人就亲子关系争端无法达成一致的共识，双方同意要求以亲子鉴定方法来解决亲子关系纠纷的，法院可以依职权启动亲子鉴定程序。
第三，在法庭上，如果其他证据的收集和公开会极大损害当事人的隐私或者激化矛盾的。为避免挖掘隐私，激化矛盾，可进行亲子鉴定。
