1 高突变率
Y-STR同常染色体STR一样都具有一定的突变率。Manfred和Antti(2001)对DYS19等15个Y-STR进行突变率的调查，结果在总共4999个真父子对中发现7个基因座14例突变，平均突变率约为2.80×10-3，与常染色体STR突变率相似。Y-STR的突变率一般不超过常染色体突变率，即使高度多态性的DYS385和YCAII基因座的突变率也在常染色体STR突变率范围内。因此，德国亲子鉴定专家证人协会认为Y-STR与常染色体STR的判断标准应该相同，即要3个以上的基因座不同才能排除亲权。
2 种属特异性
尽管PCR扩增具有特异性，但由于Y染色体进化速度慢，针对人类Y-STR的PCR扩增在一些高级灵长动物中也有被扩增出来的危险。Gusmao等（2002）就跟曾报道部分人类Y-STR在黑猩猩DNA中能被扩增出来。
3 引物非特异性
Gonzalez-Neirea等（2001）指出，部分Y染色体与X染色体具有同源性，从而使X染色体上的STR有可能被扩增出来，这种情况有的可能通过采用特异性Y-STR引物来避免，有的却无法避免，所以在扩增男女混合样本时要特别注意。
4 单倍型相同对同一认定的影响
由于起源于同一男性祖先的男性成员单倍体相同（突变除外）,相同的单倍型可能导致错误的同一认定。因此，Y-STR作为常染色体STR的重要补充，在不能排除的案件中还要结合常染色体STR作出综合判定。
