亲子鉴定原理依据的是孟德尔遗传学。子女的基因型一半来自母亲，另一半来自父亲。
孟德尔遗传学分为分离定律和独立分配定律。分离定律：决定生物体遗传 性状的一对等位基因在配子形成时彼此分 开，分别进入一个配子中；分配定律：当两对以上的等位基因进入一个配子时，它们相互之间是独立自由组合的，后代基因型是雌配子和雄性配子随机受精决定的。应用到亲子鉴定解释为：
首先，人二倍体生物，因此每一个基因座位点都有两个数字，一个来自母亲，另一个来自父亲，相同的两个数字为纯合子，不同的两个数字为杂合子。
再者，DNA数据，在选取的人类遗传标记的中21位点时，每一个基因位点随机出现两个基因座位的可能是大于45的20次方的，因此DNA确认个体是足以区分地球上人类个体（同卵多胞胎数据一样除外）。
最后，在传代时，每一个基因座位点都会分离出两个配子。亲代每一个位点有一个配子传给子代。符合遗传规律的位点就是大人和小孩子在相同的基因座位点上有一个数字是完全相同的。
因此，根据孟德尔遗传学原理，在检测DNA，判断亲子关系时，是足以确认亲子关系的。所以亲子鉴定可以应用于司法用途，常被作为最科学最公正最直接科学证据证明。
相关评论：
科鉴基因来自河北承德的客户反馈：三家鉴定科鉴基因帮解读。
2013年在河北做的亲子鉴定，结果是否定的，怀疑有问题，最后选择北京三家亲子鉴定中心做了DNA，验证为亲生。把报告都拿到科鉴基因，分析原因。最终知道河北做的那次鉴定和北京三家做的亲子鉴定孩子不是同一个人。原来DNA鉴定的奥秘在于个人的DNA数据是不变的。在遗传时也是遵循孟德尔遗传学，每一个基因座位点大人和小孩都是有一个遗传数字是相同的。
