Y-STR分型检测在亲子鉴定中常用于父系的亲缘鉴定。用于鉴定男性与男性之间是否来源同一父系。那么Y-STR在法医鉴定应用中有那些问题呢？
（一） 男-女性混合物种男性组分的检测
部分X和Y染色体表现出高度的序列相似性，即使是非常特异的扩增条件，女性DNA仍能得到扩增产物。在DYS391和DYS393基因座女性DNA可以得到与男性一样的扩增产物。对于DYS391基因座，可以用新设计的Y-染色体特异引物克服这个问题，而其他基因座即使重新设计引物，仍不能解决男性特异问题。
（二） 父权鉴定
对于父权鉴定，必须考虑突变率的问题，尤其是涉及亲属的案件。同一个个体在多个Y-STR和常染色体基因座观察到突变，可能会导致假排除。按Rolf将多个基因座的突变率考虑进去计算父权概率来计算似然率，应以似然率分析由于突变引起的表观排除。
（三） Y染色体缺乏重组影响
Y染色体缺乏重组，意味人群中每个个体将与同一个父系下的其他人拥有同一个单倍型。对于Y染色体的标记，同一父系的所有男性拥有相同的单倍型，不能区分开彼此。不过，这种情况只指DNA以外的证据表明嫌疑人与犯罪是近亲的情况。
多个Y-STR基因座的等位基因频率不能以相乘方式计算，所有的Y-STR基因座组合只能考虑为一个单倍型，而且其频率只能根据相关人群的数据评估。
群体数据来自于无关个体，没有关系的个体，那些来自于某一人群较大家系的常见的单倍型频率可能会偏低。在迁移较大的游牧群体中，随机二个个体间有父子的几率是很低的，但是，在一个很小的孤立封闭的农村人群，这种几率可能很高，必须考虑是否能用一般人群的数据来评估这种人群的相似意义。
（四） 污染的危险性
实验室必须拥有本实验室男性分析人员的Y-STR的资料，以便检查物证是否被污染和可能的污染源。
增加扩增环树，以增加对物证的验证灵敏度，但必须知道可能会增加物证被污染的可能性，在解释物证样品要考虑进去的。
