1993年，美国邪教大卫教派(Branch Davidian)在得克萨斯州韦科镇 (Waco，Texas)点燃的大火烧死了86人，法庭医学服务机构(The Forensic Science Service)在处理遇难者遗骸DNA的时候发现，原有STR技术对于这些降解的DNA分型结果很不理想，而选用更小片段的STR位点，则可以在4位点复合扩增体系中得到更好的结果。
Butler等(1998)运用飞行时间质谱技术使得STR等位基因可以在没有等位基因阶梯标准( allelic ladder)比对的情况下正确分型，这就为那些较小的PCR产物的STR分型提供了技术支持。Hellmann等(2001)利用所设计的新引物对头发进行HUMFES、HUMTH01和HUMTPOX位点的扩增。引物的退火结合位置非常接近STR位点的重复单位，扩增产物长度大大缩短(HUMFES<106bp，HUMTH01<86bp，HUMTPOX<87bp)，头发STR位点扩增成功率明显提高。
2001年，“9·11”恐怖事件造成2700多人死亡，在对遇难者进行尸源鉴定 时，采用了两个新的STR复合扩增体系(Holland et a1-，2003)。通过减小STR位点扩增片段的大小，对这些分型有困难的法医学样品进行基因分型。这个新技术有力地推动了遇难者个人识别工作的进行，同时正式被命名为miniSTR技术。
2002年，Butler等开发了5个miniSTR复合扩增体系，包括DNA联合索 引系统(Combined DNA index system，CODIS)中的13个基因座，以及 D2S1338、Penta D和Penta E，它们与商品化STR试剂盒16基因座复合扩增体 系可以进行直接比较。但是，由于miniSTR位点的扩增产物片段长度都很短， 其等位基因片段长度上有部分重叠，所以进行复合扩增的时候，每一种颜色的荧 光标记一个位点。他们建立的5个miniSTR复合扩增体系，每一个复合扩增体 系包括3个位点，把其中两个复合扩增体系组合在一起成为“Big mini”(Chung et al，2004），每种颜色的荧光标记的两个STR基因座等位基因之间至少有20碱基的差距。比如，蓝色荧光标记，TH01位点最大的等位基因是98bp，而FGA位点最小的等位基因是125bp。
2003年至今，很多人开始了miniSTR的研究工作，Drabek等(2004)对 miniSTR复合扩增体系与商品化STR试剂盒之闯的同一性进行了研究；Chung等(2004)则研究了miniSTR对降解DNA模‘的扩r'效率；Bode Technology Group合成了BodePlexl(D13 S317、D21Sll、D7S820、D16S539、CSFIPO)和BodePlex2 (TPOX、FGA、D7S820、D18~1)，这两个复合扩增体系在世界 贸易中心大厦遇难者的骨及组织的个体识鬟中发挥了垂常重要的作用。
