骨骼、牙齿由于有外部硬组织的保护，因此能够抵抗外界环境的影响，DNA不易被降解，在软组织腐败或炭化的情况下，从软骨、骨骼、牙齿等硬组织中提取DNA是惟一的选择。肌体软组织高度腐败肌肉变黑，甚至液化的情况下，从软骨组织仍可能提取到DNA扩增分型的模板，所以软骨组织是理想的检材。对于骨骼、牙齿样本，宜选骨髓、牙髓，其次选择干骺端、其他骨松质丰富的部位，最后选择骨密质部分。
暴露在野外现场的骨骼、牙齿标本首先要进行清洗工作。将标本用蒸馏水冲洗干净、干燥，用灭菌细砂纸磨去骨外层部分，并在紫外灯下照射杀菌1~ 2h，以避免微生物或外源DNA的污染，再进行以下步骤。
有机溶剂提取法：
1．较新鲜的骨骼
(1)钻取骨粉(胃松质10～20mg，骨密质75～100mg)或取牙髓，分别用冷蒸馏水、乙醇、乙醚各浸泡15min；
(2)待完全干燥后加TES(15mmol/L Tris-HCl pH8.0，15mmol/L EDTA pH8.0，15mmol/LNaCl) 400µl，10% SDS 40µl，10mg/ml蛋白酶K 4µl，混匀。37℃温浴过夜。
(3)饱和酚、氯仿抽提及冷乙醇沉淀，操作同血液DNA提取。应该注意的是此方法对较新鲜骨、牙的DNA提取效果较好，对陈旧骨、牙检材提取效果不佳。
2．陈旧骨骼
(1)取5g骨粉加入40ml 0.5mol/L EDTA pH8.0，4aC混匀24～48h。5000r/min离心15min，弃上清。
(2)用40ml提取缓冲液（0.5mol/L EDTA，0.5%蔗糖pH8.0）脱钙。5000r/min离心15min，弃上清。
(3)加入提取缓冲液使终体系达7ml，再加入10mg/ml蛋白酶K 200µl，37℃孵育12h，追加10mg/ml蛋白酶K100µl，37℃再消化12h。
(4)酚、氯仿抽提及冷乙醇沉淀，操作同血液DNA提取。必要时用centricon柱层析法浓缩。
