亲权鉴定中要求STR基因座具有较低的突变率，这是因为认同孩子和假设父亲之间的关系式基于等位基因在代间传递时保持一致的假设。认识到突变对于亲子鉴定的重要性，有学者把解决这一问题考虑为需要多少个STR基因座才能排除父权，并建议排除父权至少应当依靠3个STR基因座。事实上，检测的STR基因座越多，检测到STR突变的概率也越大。由于STR分析通常检验13个或更多的基因座，孩子和真正的生物学父亲之间存在2个甚至更多的突变也并不奇怪。北京科鉴基因亲子鉴定中心建议当发现1至3个基因座不符合遗传规律，考虑可能存在突变时，应增加检测STR基因座。任何情况下，不能仅依据一个STR基因座不符合遗传规律来排除父权。
当然，高的突变也有利于保持STR基因座的多态性，在人来个体识别中很有应用价值。虽然突变可以潜在影响亲子鉴定的参照样本，但它对受害者自身或犯罪现场证据之间的直接对比没有影响，因为发生的任何突变在一个个体重一生中都会保持不变。
