人类的进化是可以在人类的DNA里留下痕迹的，DNA记载了人类的结构、信息，也同样是DNA，把这些信息代代相传。一个被普遍接受的理论认为，在传递过程中，DNA会发生微小的变化，经历的年代越久远，DNA变化的就越多。根据这个理论，比较不同物种的DNA，就可以了解不同物种之间的关系，比较同一个物种内不同的群体之间的DNA，就可以了解这些群体之间的关系。在安阳曹氏墓出现之前，复旦大学现代人类学教育部重点实验室正在东亚各民族基因调查的基础上，打算进一步深入到古代家族的基因调查。安阳曹氏墓的出现，对于复旦大学而言，给历史学和人类学联合课题组提供了两个重要的契机：第一，促成了历史学和分子生物学的深层次合作研究，建立了国内第一个以分子生物学为主要研究工具的历史人类学新学科；第二，加快了人类基因调查从以民族向以家族为对象的转变。曹氏墓的DNA亲子鉴定，是这一重大转变的个案。而这种研究范本的最终建立，可以打通一条追寻中华民族融合形成史的路。
作为复旦大学历史系的一名教授，韩昇一直想寻求学科上新的突破。而2005年，还只是博士生的李辉所在的人类学实验室参与了一个名为“国际基因地理人类迁徙研究计划”的国际研究，李辉因此和历史系有过一些跨学科的合作，这引起了韩昇的关注。
“关于基因、分子生物学，我不懂，但是我很感兴趣。”韩昇在接受本刊记者采访时说。复旦大学人类学实验室创办人金力博士是这个领域的研究专家，他是全世界最早用基因技术做亲子鉴定的，他的实验室在古基因的提取研究和利用基因技术研究人类起源问题上都具有国际一流专业水准。“我们都觉得两个学科可以合作，但具体能做什么，那时并不清晰。”
“国际基因地理人类迁徙研究计划”是由全球15个顶级的人类学实验室共同协作，调查现代直立人的起源和分布，目标是画出一个人类‘谱系树’。就像一棵树那样，从根部到树干，到枝条，再细化到一片叶子，勾勒出现代人类走出非洲后的迁移路线。”李辉所在的现代人类学实验室，负责这项国际研究计划中东亚、东南亚地区的样本采集、分析、测试工作。
李辉在接受本刊记者采访时说：“我们做的是人类遗传学的研究，我们研究的是人类基因的演变怎么使我们人和人有这么大差别，群体和群体有这些差别，什么时候以及为什么造成的。第一步要把人和人之间的关系搞清楚，就需要研究每个人之间的基因组有什么差别，这些差别的变化速度是怎么样的。这是一个计算分子钟的问题。我们现在把全世界各代表群体的DNA样本很精确地画在一棵大树上，每两个人之间都可以找到他们族群的节点。横向上我们找到很多标记来区分他们，纵向上我们要找到时间变化的速率，再来计算每个祖先的年代，找这个速率最关键的方法就是寻找一个大的家系来计算，这个家系必须是有家谱的。比如一个人是曹操的第75代孙，是从曹丕下来的，另一个人是曹操的第78代孙，是从曹植下来的，他们之间相差的代数是75+78，再看他们两个之间的基因差异，这个基因指的是Y染色体，看两个人各自积累了多少突变，除以他们的代数，我们就会知道他们的突变率是多少。以后再看没有家谱的人，我们就可以通过这个突变率算出来他们之间的时间跨度。这个家系怎么找呢？在国外是很难的，但是在中国相对容易，很多人会记家谱，但是很多家谱不靠谱。普通人的家谱不能用，因为时间比较短，都是从明清时代开始编的，而且很多人会编一个光宗耀祖的祖先。所以我们要找皇族的后代。”
李辉说，最早的突变速率是通过人和黑猩猩的比较计算出来的，人和黑猩猩有500万年的差别，Y染色体积累了多少突变一除就知道了，但是这只是一个粗的值，用它来估算有一定误差。
2009年12月27日，河南省文物考古研究所在安阳县安丰乡西高穴村抢救性发掘一座东汉大墓，出土的三具尸骨，其中男性遗骸测定年龄在60岁，另外两具为中年和青年女性遗骸。考古学家和历史学家根据古资料现场考证研究，认定这座东汉大墓为文献记载中的曹操高陵。消息一发表，立即在舆论界掀起轩然大波，引起对曹操墓真伪的争议。
“这个事情一出来，我们都感觉到机会来了。”韩昇说，“看这个墓的形制，确实是大墓。但具体是谁的墓？要准确回答这个问题，恰好是分子生物学的特长——用基因找人。从现代人的基因反推祖先，曹操是个很好的切入点。我们查看了全国人口普查数据，全国曹姓人口有770万人，这个规模不大不小。李唐能做么？假的比真的还多。秦始皇能做么？后代好像都被灭了。算来算去，曹操最好，不大不小，一方面做了好几代皇帝，有很多后代传下来，也没有太多赐姓，就算有部分赐姓，但是历史记载也很清楚；另一方面，他是一个英雄，但是民间他的口碑不是很好，没人会去冒充他。这样一来，曹家家谱的可靠性更有保证。”
“这些有家谱自称是曹操后人的人在哪里？怎么保证我们采到这些家系的DNA呢？这些都需要历史学家来论证。这是历史学帮到遗传学。另外，遗传学做了这样的数据又可以帮到历史学，可以解决很多历史问题。”李辉说，首先是曹操的身世，曹操如果是曹参的后代，他是世族身份，既得利益者，那他为什么要提出唯才是举，打破贵族统治制度？这是有矛盾的。这一点历史上从来没有怀疑过。曹操从来不说自己的父亲是怎么领养的，但是他所有的政敌都在骂他，有的说他是夏侯家过继的，有的说他是捡的，这都是在抹黑他。曹操从来都没有反驳过，是不是他心虚？这都是有疑问的地方。历史学没法解决这样的问题，因为没有文献明确记载，但是遗传学可以把这些历史人物的关系理清楚。“能否找到明确的曹操DNA特征，从而分析曹操的身世，对曹操及汉魏历史的研究都有极为重要的意义。”
曹操之父曹嵩丧葬殓服“银缕玉衣”。安徽毫州董园村2号墓出土
当舆论为“曹操墓”的真伪争论不休时，课题组检索基因数据库在20万个样本中，找到48个曹姓男性样本。李辉研究发现，48个样本来自三个方面：中原、东北和甘肃青海地区。对比其Y染色体，东北的类型多是M48+，而甘肃青海地区的类型非常杂，没有规律可循，中原的类型主要是M134+。从现有的十几个中原曹姓男性样本来看，李辉认为，其来源“极可能有规律可循”。
2010年1月26日，复旦大学历史学系和现代人类学教育部重点实验室联合宣布，将利用复旦大学人类基因调查的先进科学手段，调查分析曹氏基因，进而给曹操墓真伪的研究提供科学的证据。
