亲缘和亲子鉴定所用的作为证据的样本多种多样。在亲缘关系亲子鉴定中比较有价值的遗传学规律。线粒体DNA和Y染色体基因座的验证扩大了证据样本的范围，可从其远房亲属的样本进行分析也允许我们从不同的遗传学角度来评估结果。
遗憾的是，完整的三联体亲缘关系鉴定往往较难实现。有时鉴定中也许没有母亲样本或无法得到父亲的样本。甚至一些案件中没有孩子的DNA样本。尽管此类案件中出现更多统计学不确定性，但通过一些方法仍然可以在一定程度上合理地解决这些问题。另外，线粒体DNA或Y染色体的检测结果也可以帮助确定亲缘关系。联合多个近亲样本，可以为亲子鉴定结论提供更有力的支持。
