在医学进行亲子鉴定并非难事，关键是在诉讼中如何应用亲子鉴定的问题，亲子鉴定涉及婚姻、家庭、子女人身权利和财产权益，在诉讼中适用应贯彻稳定家庭，谨慎小心之精神。由于法律制定的滞后性，目前的法律规范不能解决日益突出的因亲子鉴定而带来的社会和法律问题。笔者认为，在诉讼中适用亲子鉴定应从以下原则出发，在司法实践中严格掌握。
1、当事人主动申请的原则。在处理怀念因家庭案件时，审判机关即使怀疑“父子”关系，也不能依职权主动委托有关部门作亲子鉴定，只有当事人一方或双方主动向人民法院申请要求作亲子鉴定，审判机关才能考虑是否启动这一程序。如一方或双方当事人没有提出这一请求，法院即使发现在亲子关系上存在疑点或合理怀疑，仍然只能按照正常的婚姻家庭关系来处理，但是在涉及刑事案件时，笔者以为法院可以依职权启动亲子鉴定程序，委托有关部门进行鉴定。
2、当事人自愿的原则。这是指即使一方向法院提出亲子鉴定的申请，但必须征得另一方的同意才可启动鉴定程序。如果子女已具有一定的识别和辨别能力还须征求子女的意见，因为亲子鉴定毕竟不是法院的强制性措施，被申请方有权对涉及其公民权的事项予以拒绝，法院没有凌驾于公民之上的公权力来制约其公民权；又由于亲子鉴定结论是专家针对专门问题的意见，作为一种证据使用时其取证途径应具有合法性，如采用强迫之手段，很明显已然失去证据作为证据存在时的依据；又由于亲子鉴定涉及到社会的稳定，从社会学的角度出发，不宜对之加以提倡，如若一方拒绝进行鉴定，法院无权依职权委托有关部门进行鉴定，否则就违背了当事人自愿进行鉴定的原则。
3、保护妇女、儿童权益的原则。妇女、儿童作为社会的弱势群体，无法跟居于社会优势地位的另一方抗衡，所以在婚姻家庭性质的诉讼中，需要首先考虑妇女、儿童的利益，如果亲子鉴定的结果可能影响妇女或子女之合法权益而带来不良后果时，一般应该慎用亲子鉴定；如若诉讼涉及到子女的抚养费等子女利益而需要进行亲子鉴定时，即使在对方不同意的场合下法院也可依职权启动亲子鉴定程序。
不论亲子鉴定的结果如何，子女都是无辜的，这不仅会给其身心发育带来重大的影响，而且也会影响其正常的学习生活，一个不幸的结论甚至可以改变其一生的发展方向，所以当选择亲子鉴定时应考虑子女的利益，而且还应该征求其意见。在民法领域，以10周岁作为无民事行为能力人和限制行为能力人的分界线，笔者以为在亲子鉴定时仍然适用，如若孩子已经超过了10周岁，须征求孩子的意见。国外有立法规定丈夫若怀疑孩子不是其亲生，须在孩子出生后或知道真相一年内提出申请，孩子超过3周岁时须征得其同意。这种规定虽然在保护孩子利益方面可谓完备，但将3周岁作为分界线显得有些不妥，其一孩子的智商此时尚不具备分析亲子与非亲子所带来的后果的能力；其二事实上这样的规定也收不到预期的效果，所以笔者以为以10周岁为限比较妥当。
4、从严掌握，谨慎适用的原则。亲子鉴定涉及到亲情、婚姻、财产、名誉等多方面的问题，适用的不慎就会带来一系列的严重后果：家庭破裂，妻离子散，精神受挫，生活失去目标方向，进而导致社会不安定因素的积累。启动亲子鉴定程序应从建设和睦、团结的家庭，有利于整个社会的良好风气的形成和我国精神文明的建设，有利于子女的成长和成材的角度出发，从严掌握，谨慎适用，并需做好鉴定的保密工作。
