亲子鉴定是司法技术鉴定的一种，在证据学上是一种独立的证据，对于这一特殊的证据，要能够在诉讼中发挥证明作用必须具备合法性。要使亲子鉴定结论具有合法性，须同时具备两个条件，一是亲子鉴定程序合法，二是亲子鉴定机构、鉴定从业人员合法。
按照《民事诉讼法》的规定，当事人只有申请权，而是否启动亲子鉴定程序是由人民法院决定的，那么即使是为了满足丈夫的知情权，如果男方私自进行亲子鉴定，也是违反法定程序的。对于违反程序正义而取得之证据不具有证明力，也就不能作为夫一方要求妻子在物质或精神方面进行赔偿或者要求离婚的依据。如今民间机构所从事的亲子鉴定在绝大多数情况下不是由人民法院委托的，因此民间机构出具的鉴定结论不具有证据效力。
亲子鉴定机构合法，就是要求鉴定机构的主体资格符合法律规定。因为亲子鉴定结论具有极强的科技性和先进性，能够直接影响判决的结果，于是对于亲子鉴定机构和亲子鉴定从业人员有很高的要求。目前国内采取的准入制度主要是核准登记制度，鉴定机构（包括鉴定从业人员）须经人民法院或司法行政部门事前审查、批准、公示程序，才能接受人民法院的委托，他们出具的鉴定结论也才有可能被人民法院采信。如果亲子鉴定结论具备上述两个条件者，可以作为证据使用，但这毕竟只是证据，因此不具有绝对性，出具意见者也须经法庭质询，结论也须经法庭质证才能成为决定案件胜诉或败诉的关键。
