1. 根据第一代基因型推测第二代可能的基因型，对于常染色体共显遗传标记而言，最多可推出子代的4种基因型，每种概率为0.25（见表1）。
2. 依据第二代基因型计算传给第三代生父（或生母）基因的频率，纯合子传递生父（或生母）基因频率为1，杂合子传递生父（或生母）基因频率为0.5。
3. 计算生父（或生母）基因由第一代传递给第三代的频率。
4. 根据不同个案分别不同情况计算PI：孩子母亲参与检验，则作为仅怀疑父亲三联个案计算，PI为生父基因由第一代的传递给第三代的频率与随机人群生父基因频率之比（如上述例子）；孩子母亲未参与检验，如只有祖父、祖母、孩子参与检验，则计算生父基因频率后，按单亲个案计算PI。
表1 亲代与子代基因型关系
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亲代基因型组合 |
子代基因型(机会) |
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aa×aa |
aa(1) |
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aa×bb |
ab(1) |
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ab×cd |
ac(1/4)，ad(1/4)，bc(1/4)，bd(1/4) |
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aa×bc |
ab (1/2)，ac（1/2） |
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ab×ab |
aa(1/4) ，bb(1/4) ，ab（1/2） |
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aa×ab |
aa(1/2) ，ab(1/2) |
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ab×ac |
aa(1/4)，ac(1/4)，bc(1/4)，ab(1/4) |
