有证据表明，迄今为止世贸中心（WTC）遇难者的DNA鉴定是世界上规模最大的法医工作案例。从双子塔倒塌后形成的高达70英尺，重达百万吨的碎石堆中共搜集到了超过19917份人体遗骸。尸体遗骸的初期搜集和分类是从2001年9月至2002年5月。而DNA鉴定工作持续了超过三年的时间---直到最后一块瓦砾从原世贸中心遗址清除以后两年半才结束。最后，从双子塔倒塌时遇难的2749人中共鉴定出了1558名遇难者。如果不使用DNA技术，只能其他形式的鉴定方法，如指纹和牙齿特征，遇难者中仅会有一小部分人可以被鉴定出来。直到2004年6月15日，共鉴定了8705份从世贸中心现场搜集的残骸样本，并证明与1558名遇难者有关。
从世贸中心现场搜集到的生物检材都经历了建筑倒塌时形成的高压以及近3个月由于地下火而形成的815℃的高温。两架飞机撞击双子塔后泄露的航空燃油形成的熊熊大火足以瞬间融化支撑建筑的钢梁，从而使建筑物倒塌。人体残骸在这样一个类似“高压锅”的环境里通常会互相掺杂、破碎甚至气化。
纽约法医总局法医生物物证室主任Robert Shaler博士多个月来一直负责世贸中心遇难者DNA检验鉴定工作。Shaler博士和他的组员们负责部分鉴定工作并协调所有的外部鉴定公司和顾问的工作。他们在寻找遇难者DNA分型与直接来自个人或来自遇难者生物学亲属的参照样本之间的匹配的复杂过程中，日以继夜不知疲倦的搜集每一条可能的信息。一个由Charles Brenner 博士编写的叫做DNA View的计算机软件在许多涉及亲缘鉴定的案件中起了举足轻重的作用。
2001年的“9.11”悲剧事件引起了法医界几个重要的变革（Vastag,2002）。包括从骨骼中提取DNA的新方法（Holland et al.,2003）、小片段扩增或miniSTRs、单核苷酸多态性(SNP)以及高通量线粒体DNA测序。此外，还开发了一些新的计算机软件，用于帮助提取的样本之间以及提取的样本与参照样本之间的比对。
广泛用于世贸中心遇难者鉴定的三个计算机软件是：M-FISys,DNA View和MDKAP。M-FISys通过直接匹配运算法则信息分类和鉴定；DNA View通过遗传学分析推断亲源关系；而MDKAP通过两两比对进行亲缘鉴定分析。MDKAP的新款商业版称为Bloodhound 程序。
DNA鉴定工作的其中一项巨大困难是复查各个实验室送来的大量数据。为了从19 917份搜集的生物样本中找到2 749名遇难者，共得出了超过52 528份STR分型数据、16 938份SNP分型数据及31 155份mtDNA序列数据---这确实是一项庞大的工程。从大多数搜集到的样本中只打到了部分DNA分型，这使得到一个可以信赖的DNA鉴定结果变得异常困难，通过互相拼接补充到完整的DNA图谱。Brenner 和Weir(2003)描述了群体性灾难中主要的鉴定遇难者身份的方法和策略。鉴定人体残骸过程的主要步骤分3步：取样、筛选、检测。当多数家庭成员遇难时，应用丛运算法则重建家系。
正如Gill等（2004）所指出的，与普通刑事案件相比，在群体性灾难调查中可以更容易地使用如SNP等最新遗传标记。这是因为国家DNA数据库长期以来一般只用一系列特定的基因座，而群体性灾难调查只涉及与灾难有关的人员，不需要国家DNA数据库的介入。但是在同一起群体性灾难中，参照样本和搜集的样本要用相同的遗传学标记学标记和检验方法。
