若被测男子不能排除孩子的生物学父亲，那么我们就要用统计学来计算其为孩子生物学父亲的可能性。此时通常计算父权指数（PI）。
父权指数（PI）是两种假设可能性的比值，分子表示父权概率，分母表示同种族的随机男子是孩子生物学父亲的概率。具体来讲，分子指假设被检男子为生父，检出基因型的概率；分母指假设随机男子为生父，检出基因型的概率；父权指数是两种不同假设下概率间的死然率比率。这个似然比率反映了（如一系列等位基因）第一种假设是第二种假设的多少倍，从而判断其证据作用。随机匹配时，未检测的随机男子遗传给孩子某一等位基因的概率与该人群次基因频率相同。
PI通常用X/Y来表示，X是被控父（AF）提供基因的概率，Y是该人群随机男子提供基因的概率。通常，AF为纯合子时X等于1，AF为杂合子时X等于0.5。在计算随机男子提供生父基因概率时，常常要使用不同遗传标记等位基因频率分布的人数数据。
对于所有被检的遗传基因座，先计算每个基因座的PI值，各个基因座的PI的乘积则为累积父权指数（CPI）。肯定亲权关系的最低标准PI值为100或更大。PI值等于100意味着被控父为孩子生父比随机男子为孩子生父的可能性大99倍。
亲权鉴定（亲子鉴定）中使用的另一种统计学方法是计算非父排除率，它是指若亲源关系符合Hardy-Weinberg 平衡定律，所有基因型频率排除率。用于计算亲源关系统计学的计算机程序有DNA View。
