在有亲源关系个体DNA比对时的情况时，由于有亲源关系个体有许多共享等位，我们需运用不同的统计学公式进行计算。如计算基因型和DNA分型频率的估计。
DNA数据除了应用于刑事侦察外，它在亲缘和亲子鉴定中发挥了极其重要的作用。相对于刑事案件中物证和嫌疑人之间的同一认定，亲子鉴定的问题则较多。我们讨论一下几个方面的应用：传统意义上的亲子鉴定包括经常体积的父权鉴定（即谁是父亲？）以及失踪人员和群体性灾难事故调查中的方向亲子关系分析（即这几处人体残留物是否来自于供比对的参考样本的某一个生物学子女？）；另外移民案件也通过亲缘关系认定来确定两个个体之间的关系。
在检测中的个体为近亲的情况下，如：父母和子女，全同胞兄弟姐妹，半同胞亲兄弟姐妹和堂兄弟姐妹或姨表兄弟姐妹等，我们可以用孟德尔分离律来计算共享遗传信息的数目。如果我们在两个亲缘关系个体间建立某种期望假设，我们既可计算排除率，也可以计算更精确的似然比率，似然比率是指两种假设之间的比值，即两个DNA样本有某种亲缘关系的假设与两个DNA样本来自无关个体的假设之比。
在亲源关系认定的计算方法中，排除率应用得较早，排除率表示随机男子被排除为孩子生物学父亲的概率。1938年出版了第一部书（Essen-Moller,1938），它奠定父权指数（PI）计算的基础理论。从那时起，计算两种相悖假设下的DNA作为证据样本的似然比率的应用日渐普遍。
