亲子鉴定的检材应是从当事人个体直接采集。作为能在法庭上起证据作用的亲子鉴定，尤其需要规定严格的检材采集程序。应认真做好检材编号登记。为了核对每一检材身源，必须要时所委托的司法机关工作人员陪同并认定被检人的身份。同时，应查验有效的身份证明，并要求被检人留下签名、指纹或相片等，以确保血样的正确性，并避免检材张冠李戴，防止身源被弄虚作假、冒名顶替。
用于亲子鉴定的检材原则上与一般法医物证鉴定的检材相同，除防止交叉污染外，还要注意防止细菌污染引起的腐败、发霉。检材宜低温保存，亮好的检材条件是准确检测结果的关键之一。
可根据不同的测试项目对采集的检材作不同的安排。
目前已普遍采用了DNA分型技术，这给用于亲子鉴定的检材采集、运送及保存带来了极大的便利，有时只需要采集被检人数滴血制成血痕纱布，自然阴干后即可送检。一些特殊的组织检材，要求采集到有核细胞，如带毛囊的毛发、具有牙髓的牙齿以及骨骼等。检材量应满足能提取足量的基因组DNA片段的要求。
除上述以鲜血进行凝集反应及淋巴细胞毒试验外，用于亲子鉴定的检材如果不马上进行检测，均应在低温或超低温冷冻条件下保存。新鲜唾液检材，因存在血型分解酶，唾液采集后应在沸水浴中煮10min，使该酶灭活，然后离心，取上清液备用。
对于接受过输血的人来说，受检者的遗传标记可能受供血者的干扰，所以要求在接受输血2～3个月后才能采血做亲子鉴定。
