在法医学领域，SNP最大的优点就是可以得到最短的PCR产物，它们可以克服由于严重的PCR抑制物或高度降解给样本分析造成的困难。短的PCR产物可以从严重降解样本中发掘信息量。SNP遗传标记的扩增产物片段小是由于目的区域仅是一个单核苷酸，相对而言一个STR重复序列为四聚核苷酸连续5～15次重复，就会出现20～60个单核苷酸，所以SNP的PCR产物很小。尽管在这一领域多年来对SNP的期望很高，但直到2004年初，SNP的优势仍没有以可观的形式科学地表现出来。现在需要的是直接将SNP和STR检测同一降解检材的结果进行对比。
SNP成功地用于检测2001年9月11日的世界贸易中心灾难中遇难者的高度降解样本。同时，这些个体识别案例也体现了短片段STR遗传标记的优势。一些STR遗传标记可以通过设计靠近重复区域退火的引物，从而使PCR产物在长度上从超过300bp减到少于100bp。这种形式的STR检测优于SNP之处在于有更多的等位基因，因此具有更高的识别率。更重要的是，miniSTR检测结果与当前保存了数百万计犯罪分子的DNA分型数据库具有兼容性。
