在诉讼中适用亲子鉴定应依以下原则决定是否启动亲子鉴定程序：
1．当事人申请的原则。在民事诉讼中只有当事人一方或双方主动申请要求做亲子鉴定，人民法院才能考虑是否启动这一程序。但在刑事案件中，司法机关可以依职权启动亲子鉴定程序，委托有关部门进行DNA鉴定。
2.当事人自愿的原则。一方向法院提出亲子鉴定的申请，原则上应当征得另一方同意。如果子女已具有一定的识别和辨别能力，还须征求子女意见。
3．保护妇女、儿童权益的原则。婚姻家庭案件中，应首先考虑妇女、儿童的利益，应慎用亲子鉴定。对年满十周岁孩子进行亲子鉴定应征求其意见。
4．谨慎原则。启动亲子鉴定程序应从建设和睦、团结的家庭，维护社会稳定，保护子女的健康成长的角度出发，从严掌握，谨慎适用。
离婚诉讼中，丈夫申请亲子鉴定的原因主要是怀疑妻子不忠，子女不是自己亲生。一些妇女研究专家认为，如果男方提出鉴定要求，结果孩子确为自己亲生，那么这种鉴定无疑是对女方尊严和人格有极大伤害，而对孩子的伤害和影响更大。为维护社会、家庭关系的安定团结，保护儿童合法权益，各国立法大多设立了婚生子女的推定规则，对提出否定婚生子女亲子关系诉讼请求的当事人，法律上设立了举证责任、诉权、除斥期间等限制。
我国立法虽然未就此作出具体规定，但最高人民法院早在1956年9月25日给河北省高级人民法院《关于徐某某所生的小孩应如何断定生父问题的复函》中提出了对婚生子女的概括推定意见，因此，基于婚生子女的直接推定制度，对婚生子女与父母亲子关系的鉴定应采用自愿原则，不得强制DNA鉴定。
对非婚生子女，如果被告不能提供足以推翻亲子关系的证据，又拒绝做亲子鉴定的，应当推定其亲子关系成立
对非婚生子女的亲子关系的认定，由于缺乏婚姻关系的存在为基础，导致亲子关系的认定相当复杂。我国婚姻法对婚生子女和非婚生子女采取平等保护的原则，但非婚生子女的亲子鉴定与家庭稳定密切相关，故同样应当慎重，原则上仍应当以双方自愿为原则。但是如果非婚生子女以及与其共同生活的父母一方有相当证据证明被告为非婚生子女的生父或者生母，且非婚生子女本人尚未成年，函须抚养和教育的，如果被告不能提供足以推翻亲子关系的证据，又拒绝做亲子鉴定的，应当推定其亲子关系成立。
