几年发表的三篇论文认为mtDNA存在重组或父系遗传的可能性而不是完全母系遗传。有人曾报道在老鼠中发现mtDNA存在父系遗传。Hagelberg和Eyre-Walker的论文在mtDNA法医和群体遗传领域引起了轩然大波。后来由于数据问题，Hagelberg和他的同事们收回了他们的论文。由于似乎没有直接的证据证明，在线粒体基因组之间或内部存在重组，这个领域的绝大数科学家不再讨论这个问题。
然而，最近发表的一篇论文发现在骨骼肌中有人类父系mtDNA型的遗传，但在其他组织未发现父系单倍型。对具有类似肌肉疾病的个体的另外几项研究中也没有发现任何mtDNA父系遗传的证据。利用过去三十年证明母系遗传的数百万份样本，可以放心地得到结论：mtDNA母系遗传的中心法则是成立的。
