在用不同的STR引物扩增得到不同的分型结果时，就可发现无效等位基因。在对600份人群样本的VWA基因座STR分型结果进行比较时发现，一例样本在用Promega公司的PowerPlex试剂盒扩增时分型结果是16、19，而用AB公司的AmpFlSTR®蓝色试剂盒扩增时分型结果为16、16（Kline et al.,1998）。在这种情况下，用AmpFlSTR® VMA基因座等位基因19丢失（Walsh,1998）。
等位基因丢失可能是因为引物3′端或其附近的突变（或变异）导致PCR过程无法延伸。在这个例子中，样本在VMA基因座存在等位基因19，但使用其中一套引物无法扩增。随后有报道说，这个无效等位基因的产生是由于DNA模板在AmpFlSTR® VMA正向引物3′末端后的第二碱基发生罕见的A-T改变（Walsh,1998）。
通过对STR的分型结果进行统计学分析，能够预测由于等位基因缺失导致的可能的无效等位基因。纯合子的观察值可以与根据Hardy-Weinbeng遗传平衡定律计算得到的纯合子预期值进行比较（Chakraborty et al.,1992）。纯合子的数量异常增高就提示可能UPI无效等位基因的存在。因此，法医DNA实验室在检测新的STR遗传标记时最好对每组群体数据进行仔细的核对。
随着各种STR试剂盒的应用越来越普遍，在过去的几年内研究人员做了大量的引物一致性研究。一项超过2000个样本的研究将PowerPlex®16试剂盒与Profiler PlusTM和COfilerTM试剂盒的结果进行比较，在13个核心STR基因座中的七个基因座发现了22例由于引物错配引起的等位基因丢失，这七个基因座分别为CSF1PO、D8S1179、D16S539、D21S11、FGA、TH01和VMA。
