性别鉴定是法医物证学的一项重要内容，准确的性别鉴定常给案件侦破提供非常有价值的证据，可为进一步的侦查提供方向。且一旦确定性别，即可个体识别提供50%的否定率。在性暴力案件中，被害人的反抗，常使案犯、受害者或双方的身上留有对方的血痕、毛发、皮屑、唾液、甚至组织等，这时性别鉴定就显得有价值。对待定环境、部位提取的生物检材作出准确的性别鉴定，甚至可以起决定性作用。例如在受害者为女性的现场，若发现男性成分特别是血痕、精斑，对分析、认定作案人有重要意义。
目前，DNA水平性别鉴定基本上可解决所有的生物检材的性别鉴定，包括人类学、组织学、血清学等方法无法作出准确鉴定的检材。例如：1. 无法判定性别的无名腐败尸体、尸骨、碎尸、组织；2. 灾难事故中的残肢断臂、组织、牙齿；3. 犯罪现场的血痕、毛发、组织及怀疑为来自人体的排泄物、分泌物等；4. 从被害人身上提取的有关检材，如血痕、毛发及怀疑为来自人体细胞的物证衣物，凶器等检材；5. 从犯罪嫌疑人身上提取的有关检材，如血痕、毛发等，如性犯罪嫌疑人的阴经、内裤上可粘有被害阴道分泌物，血痕、阴毛等；6. 对性分化是否正常的个体做出性别鉴定；7. 研究考古、进化等需鉴定性别的陈旧检材。DNA水平性别鉴定基本方法包括：1. Y染色体特异性探针杂交技术鉴定性别；2. 电泳观察Y染色体特异性酶切片段鉴定性别；3. PCR扩增Y染色体特异性片段鉴定性别；4. PCR扩增X，Y染色体特异性片段鉴定性别。
聚合酶链反应鉴定性别的方法，使法医物证学性别鉴定技术朝着准确、灵敏、快速的方向发展。从80年代中期开始，鉴定性别的主要方法是扩增Y染色体特异性DNA片段鉴定行呗，90年代开始，国内外学者开始用PCR技术同时扩增X,Y特异性DNA片段鉴定性别，这种方法优点十分明显。表现在(1)该方法于同一试管、同一反应体系，一次电泳就可以同时扩增X，Y两条染色体的特异性DNA片段。（2）无论男、女检材均可得到有效扩增与分型，无假阴性结果。（3）与扩增Y特异性DNA片段鉴定是方法相比，节约50%的检测及试剂消耗。（4）对于降解检材，微量检测均有可有效鉴定。这类方法已成为目前鉴定性别的主要方法及常规检验项目。
